IJM Deutschland e. V. ist Teil der weltweiten Organisation International Justice Mission und wurde 2009 als unabhängiger Verein in Deutschland gegründet. Zunächst wurde die Arbeit von einem Gründungsteam ehrenamtlich geführt. Seit 2013 wächst das hauptamtliche Team von IJM Deutschland in Berlin.

Die Mitgliederversammlung wählt das ehrenamtlich arbeitende Präsidium. Dieses tagt bis zu viermal im Jahr. Das Präsidium wählt den geschäftsführenden Vorstand, der für die verschiedenen Geschäftsbereiche verantwortlich ist. Zusammen arbeiten sie an der Erreichung der satzungsmäßigen Ziele von IJM.